Thị trấn Phủ Thông nằm ở phía bắc huyện Bạch Thông, có vị trí địa lý:

• Phía đông giáp xã Sỹ Bình
• Phía tây giáp xã Vi Hương
• Phía nam giáp xã Tân Tú
• Phía bắc giáp huyện Ba Bể

Thị trấn Phủ Thông có diện tích 21,97 km², dân số năm 2019 là 3.679 người, mật độ dân số đạt 167 người/km².[2]

Thị trấn Phủ Thông có quốc lộ 3 và tỉnh lộ 258 đi qua địa bàn.

Một phụ lưu chính của sông Cầu ở thượng nguồn và các suối: khuổi Lừa, khuổi Cụ, Vi Hương... chảy qua địa bàn thị trấn.